Nace en Como, Italia en 1702 de noble cuna. En España, a donde llega huyendo de la guerra de Austria, recibe amplios poderes para cobrar en las Cajas Reales de México la pensión de los descendientes de Moctezuma.
Viaja a la Nueva España en 1736. Durante los ocho años de su permanencia se dedica a investigar las apariciones de la Virgen de Guadalupe reuniendo un considerable material gráfico y pictográfico. Promueve la coronación de la imagen guadalupana lo que provoca la desconfianza de las autoridades virreinales. Es hecho prisionero y se le despoja de su colección. Meses después, al ser deportado a España se embarca en una nave que cae en manos de los piratas que lo abandonan en Gibraltar.
Con grandes trabajos llega a España y se pone en contacto con el coleccionista Mariano Fernández de Echeverríay Veytia quienlogra su absolución siendo nombrado Cronista Real de las Indias, cargo que Boturini rechaza para dedicarse a escribir sobre la historia de los pueblos indígenas. Aunque nunca recupera su colección, escribe sobre ella el Catálogo del Museo Indiano. Su obra es muy original y bien documentada. Muere en Madrid en fecha incierta, entre 1750 y 1755.
