Fue fundada en octubre del año de 1697 por el fraile jesuita Juan María de Salvatierra.
Es considerada la madre de las misiones de la Alta y Baja California y desde ella partieron muchos jesuitas a evangelizar el abrupto territorio.
A lo largo de su historia, el templo sufrió variadas remodelaciones a fines del siglo XVIII y en el último tercio del XIX. Hoy día, conserva una sencilla fachada de piedra, realizada en estilo barroco sobrio, con modestas pilastras que sostienen un friso en el que logra leerse la inscripción: "Cabeza y Madre de las Misiones de Baja y Alta California".
Sobre ella, una pequeña ventana del coro y más arriba la imagen de Nuestra Señora de Loreto sobre un pedestal que ostenta la fecha de la fundación de la misión. El recinto conserva en su interior un sencillo y bello retablo y algunas pinturas con temas religiosos alusivos a personajes de la orden jesuita.
