Este aspecto a la larga le permitió crecer de una manera mesurada y armónica, que al paso de los siglos ha conservado su carácter original. Su fundación surgió de la necesidad de proteger y resguardar a los viajeros que transitaban entre Zacatecas y la capital del entonces reino de la Nueva España transportando principalmente minerales y que eran asediados por los nómadas indígenas de la nación chichimeca Hacia el año de 1542 fray Juan de San Miguel estableció en las cercanías de la actual ciudad una villa con el nombre de Itzcuinapan, dedicándole como santo patrono al Arcángel San Miguel. Aquella primitiva población tuvo severos problemas con el abastecimiento de agua, amén de los continuos y violentos ataques de los indígenas chichimecas de la regiones aledañas. Por ello los pobladores de la Villa de San Miguel trasladaron el asentamiento unos kilómetros al noreste; aquel era el sitio donde en 1555, a instancias del virrey don Luis de Velasco, sería fundada por don Ángel de Villafañe la Villa de San Miguel el Grande. El virrey además exigió que en ella se asentaran vecinos españoles a los que se les otorgarían tierras y ganado, mientras que a los indígenas que habitaran en ella se les perdonaría el tributo y serían gobernados por sus propios jefes para evitar rebeliones futuras.

El 8 de marzo de 1826 el Congreso del Estado la convirtió en ciudad y le modificó el nombre que en lo sucesivo sería el de San Miguel de Allende, en honor al célebre insurgente que naciera en ella en 1779.

Al interior de esa atrayente imagen colonial, se alojan diversos palacios de la época verdaderamente notables. Entre los más sobresalientes se encuentran el Palacio Municipal, antiguamente la casa consistorial construida en 1736. La casa donde nació Ignacio Allende, ejemplo de la arquitectura barroca de la ciudad sobre todo en su portada, y que actualmente es el Museo Regional. La Casa del Mayorazgo de la Canal, con una bella portada neoclásica, fueconcluida hacia fines del siglo XVIII por don José Mariano de la Canal y Hervas, regidor, decano y alférez real. La antigua casa solariega de don Manuel T. de la Canal, construcción de 1735 que fuera reacondicionada según un proyecto del ilustre arquitecto español don Manuel Tolsá en 1809; el edificio aloja actualmente al Instituto Allende y en él destacan la amplitud de sus patios interiores, una preciosa capilla y su extraordinaria arquería. La Casa del Inquisidor, que sirviera de residencia al comisionado del Santo Oficio y que data de 1780. La Casa del Marqués de Jaral de Berrio, construida a fines del siglo XVIII, y la de los Condes de Loja con su elegante portada.

Por lo que se refiere a la arquitectura religiosa, la ciudad también ostenta tesoros arquitectónicos de extraordinario valor, como la iglesia y convento de Santo Domingo, sobria edificación de 1737. El convento Leal de la Concepción, que en la actualidad es el Centro Cultural, es una edificación notable por sus enorme patio; fue construido en el siglo XVIII por el arquitecto Francisco Martínez Gudlño.

La capilla de la Santa Cruz del Chorro, una de las más antiguas; el templo de la Tercera Orden, que data de principios del siglo XVII. El hermoso conjunto del templo y oratorio de San Felipe Neri, de principios del siglo XVIII; la iglesia posee una exuberante portada barroca realizadaen cantera rosa y con una decoración de fuerte influencia indígena. Su interior cuenta con una variada y rica decoración entre mobiliario, esculturas y pintura digna de admirarse, además de la espléndida capilla de la Santa Casa de Loreto y su Camarín de la Virgen, ambas exquisitamente decoradas y que se deben a la devoción del marqués Manuel Tomás de la Canal. Cercano al oratorio se encuentra el templo de Nuestra Señora de la Salud, construido en el siglo XVIII con su portada remetida coronada por una gran concha.

También entre los más vistosos de la ciudad, está el templo de San Francisco, del siglo XVIII, con su hermosa portada churrigueresca, y la famosa parroquia es casi un símbolo de San Miguel de Allende; aunque su construcción de estilo neogótico es más reciente, fue edificada sobre la estructura del antiguo templo del siglo XVII, respetando por entero su interior y su planta original.

Muy cerca de la ciudad se encuentra el santuario de Atotonilco, construcción del siglo XIII de sobrias proporciones con aspecto de fortaleza y en cuyo interior se conservan valiosas pinturas del mismo siglo.